男主角大岛裕树与青梅竹马的住吉千里以及一直是好友的木场美冬在拥有超过5000名学生工业学园“私立高藤学园”就读。

同时他们还是以吃点心作为活动内容的社团食品研究部（简称：食研）的成员。

不久新的一届自治学生会长选举来临了，其中的强力候选人东云皋月誓言要整顿杂乱且无实绩的社团活动。

而其中食研更是首当其冲被指名要被废部。为了避免面临危机的食研被解散，大岛裕树和众多美少女部员们想方设法开始行动起来了。

于是大岛裕树为了食品研究部的未来被迫参加了自治学生会长选举。一场恋爱、选举和巧克力的故事就这样拉开帷幕了。